行政诉讼的被告一般都是行政机关，但由于行政机关是一个庞大、复杂的组织系统，其内部组成机构各式各样，因而在不同的行政诉讼中，具体被告的确认也有所不同。
经批准实施具体行政行为时被告的确定。
实践中会出现下级行政机关或法律、法规授权的组织作出—具体行政行为时，事先必须经过上级行政机关批准的情况，此时如果当事人起诉，就会产生是将上级批准机关还是将下级实施具体行政行为的机关作为被告的问题。一般来讲，当事人不服经上级机关批准的具体行政行为而起诉的，应当以在对外发生法律效力的文书上署名的机关为被告。也就是说，谁在对外发生法律效力的文书上署名，经批准的具体行政行为就视为是谁的行为，谁就是被告。
行政复议机关不作为情形时被告的确定。
行政复议机关受理行政复议申请后，必须在法定期限内审查被申请具体行政行为的合法性和适当性，作出复议决定。如果行政复议机关在法定期间不作出复议决定，就存在当事人以谁为被告起诉的问题。此种情形一般是取决于当事人：如果对原具体行政行为不服的，作出具体行政行为的行政机关是被告；如果是对行政复议机关法定期间不作为行为不服的，那么行政复议机关就是被告。
行政机关新组建机构时被告的确定。
现实生活中，许多地方政府为适应行政管理需要，组建了诸如跨部门联合管理机构等新的行政机构，并赋予其相应的行政权力。对于这些机构作出的具体行政行为，当事人不服能否直接以其为被告提起行政诉讼？依据“谁主体，谁被告”的规则，如果这些组建的机构是行政主体，就能作为被告；如果不具备行政主体地位，则当事人只能以组建该机构的行政机关为被告。
行政机关被撤销情形时被告的确定。
行政机关被撤销的，一般由继续行使其职权的行政机关为被告。因为行政机关可以撤销，但其职权不能消灭，只能发生转移，而职权与职责应当一致，继续行使其职权的行政机关就应当履行其作为被告的职责。
行政机关与非行政机关共同署名时被告的确定。
现实生活中，经常出现行政机关与非行政机关共同署名作出具体行政行为的情形。一般而言，如果非行政机关不具备行政主体资格，那么被告只能是行政机关；但如果非行政机关也具备行政主体资格，那么当事人就可以将行政机关和非行政机关作为共同被告提起行政诉讼。