一、经侦部门对立案材料的接受
对商业秘密案件立案材料的接受，是指公安机关、人民检察院和人民法院对报案、控告、举报和自首材料的受理。它是侵犯商业秘密犯罪立案程序的开始。接受立案材料，应当注意以下几点：
1．法定机关对于报案、控告、举报和自首，都应当接受下来，然后依法处理。
刑事诉讼法第八十四条规定：公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报，都应当接受。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人；对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后移送主管机关。
2．报案、控告和举报可以用书面或口头形式提出。
刑事诉讼法第八十五条规定：报案、控告、举报可以用书面或口头提出。接受口头报案、控告和举报的工作人员，应当写成笔录，经宣读无误后，由报案人、控告人、举报人签名或者盖章。
3．法定机关应当为报案人、控告人、举报人保密，并保障他们及其近亲属的安全。
刑事诉讼法第八十五条规定，公安机关、人民检察院或者人民法院应当保障报案人、控告人、举报人及其近亲属的安全。报案人、控告人、举报人如果不愿公开自己的姓名和报案、控告、举报的行为，应当为他保守保密。
二、经侦部门对立案材料的审查
对立案材料的审查，是指公安机关、人民检察院、人民法院对自己发现的或者接受的立案材料进行核对、调查的活动。目的是认定有无犯罪事实发生，依法应否追究行为人的刑事责任，为决定是否立案做基础。
刑事诉讼法第八十六条规定：人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查。
对商业秘密立案材料的审查，是立案程序的中心环节，因为立案与否取决于法定机关对立案材料审查的结果。审查材料的过程就是根据法律所规定商业秘密犯罪的立案条件，确认有无犯罪事实和分析、评断这种犯罪事实是否需要追究刑事责任的过程。通过审查材料查明：是否属于犯罪行为；有无可靠证据材料证明属犯罪行为；依法是否需要追究行为人的刑事责任；有无存在不追究刑事责任的情形。
在司法实践中，法定机关对立案材料进行审查时，可以要求报案人、控告人、举报人补充提供材料，或者要求他们作补充说明，也可以进行必要的调查（立案前法院不得进行调查）。
对立案材料的审查，只要材料足以证明有犯罪事实发生需要追究刑事责任而应当立案，或依法不需要追究刑事责任而不应当立案，即能通过审查材料决定是否立案审查工作就完成了。
三、经侦部门对立案材料的处理
对侵犯商业秘密罪立案材料的处理，是指公安机关、人民检察院、人民法院通过对立案材料审查后，作出立案或者不立案的决定，是立案程序的最后阶段。
《刑事诉讼法》第八十六条规定：人民法院、人民检察院、公安机关对立案材料审查后，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案。
因此，对立案材料的处理只有“立案决定”和“不立案决定”两种结果。
1．决定立案
公安机关对立案材料进行审查后，认为需要立案的，由承办人填写《立案报告表》，公安机关主管负责人批准后，交由侦查部门开始侦查。
人民检察院对立案材料审查后，认为需要立案的，先由承办人填写《立案请示报告》，经检察长批准或检察委员会决定后，制作《立案决定书》。还应及时将《立案请示报告》和《立案决定书》报上一级人民检察院备案。上级人民检察院认为不应当立案的，制作《纠正案件错误通知书》，通知下级人民检察院撤销案件。
人民法院受理的自诉案件，一般先由控告申诉庭：工作人员填写《立案审批表》，经主管负责人审查批准后，移交刑事审判庭审理。
2．决定不立案
决定不予立案的，应当制作《不立案决定书》，写明案件的材料来源，决定不立案的理由和法律依据，决定不立案的机关等。
刑事诉讼法第八十六条规定：认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。
因此，公安司法机关决定不立案的，应当将不立案的原因通知控告人，以便控告人据此决定是否申请复议。
3.立案监督
立案监督，是指有监督权的机关和公民依法对立案活动进行监视、督促或者审核的诉讼活动，主要是针对“决定不立案”案件的。
《刑事诉讼法》第八十七条规定：人民检察院认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院应当要求公安机关说明不立案的理由。
《机关规定》第七条规定：公安机关在收到人民检察院《要求说明不立案理由通知书》后七日内应当将说明情况书面答复人民检察院。人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立，发出《通知立案书》时，应当将有关证明应该立案的材料同时移送公安机关。公安机关在收到《通知立案书》后，应当在十五日内决定立案，并将立案决定书送达人民检察院。