发展战略性新兴产业，必须以创新型企业为载体。证券公司代办股份转让系统（俗称“新三板”）作为场外证券交易市场重要组成部分，为处于初创期的创新型企业提供了良好的融资环境和分散投资风险机制。自2006年初设立以来，虽然目前新三板仅在中关村国家自主创新示范区内试行，但其资本市场功能在推进创新型企业成长方面已逐步发挥作用。
所谓创新型企业，是指拥有自主知识产权的核心技术、知名品牌，具有良好的创新管理和文化，整体技术水平在同行业居于先进地位，在市场竞争中具有优势和持续发展能力的企业。创新型企业主要有如下特征：企业内部实现研究与开发的制度化；研究与开发成为企业的核心职能之一；拥有研发、生产、销售三位一体的完整业务体系；形成研发、生产、销售三者互动的经营机制；能够通过不断的持续的创新，获得持续性的收益。其中，持续的自主创新能力是创新型企业的本质特征。
创新型企业主要分布在高科技行业、消费品行业以及知识密集型服务业。创新型企业是一个国家最有活力的企业，是创新型国家建设的主力军，应该成为政府重点扶植的对象。由于创新型企业具有价值增值巨大潜力，往往成为风险投资机构最青睐的投资对象。
根据我国目前的实际情况，创新型企业一般应具备以下条件：拥有自主品牌和专有的知识产权；企业生产符合国家高新技术产业政策；研发实力较强，企业研发人员的科技素质和人数占比达到一定水平，企业科研资金投入规模较大；生产经营初具规模且大部分经营收入通过高新技术产品的销售取得；有较好的成长性，年经营收入逐年递增；企业产品或经营模式具有创新性；有较好的市场地位，在行业或细分市场上居于前列。
根据中关村国家自主创新示范区的规定，企业申请在新三板挂牌，必须先行通过高新技术企业认定。根据《高新技术企业认定管理办法》，高新技术企业必须同时满足以下条件：（1）在中国内地注册的企业，近三年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权；（2）产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；（3）具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10%以上；（4）企业为获得科学技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）而持续进行了研究开发活动，且近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例符合如下要求：最近一年销售收入小于5,000万元的企业，比例不低于6%；最近一年销售收入在5,000万元至20,000万元的企业，比例不低于4%；最近一年销售收入在20,000万元以上的企业，比例不低于3%。其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。企业注册成立时间不足三年的，按实际经营年限计算；（5）高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的60%以上；（6）企业研究开发组织管理水平、科技成果转化能力、自主知识产权数量、销售与总资产成长性等指标符合《高新技术企业认定管理工作指引》的要求。因此，目前在新三板挂牌的企业的产品或业务模式均具有较强的创新性。
综上，新三板挂牌的公司主要集中在信息技术、装备制造、医药生物制品和新材料等行业，其中涉足信息技术的挂牌公司家数超过挂牌公司总家数的半数以上。信息技术类挂牌公司占比例较大，与信息技术的应用广泛、技术含量较高、行业发展迅猛有着密切联系。根据已公开披露的信息，四家挂牌公司与铁路与轨道交通行业相关，说明近年来铁路建设的急速发展，对相关行业具有巨大的带动效应。文化传媒类挂牌公司占比较小，这与我国文化市场体制改革进步较晚，国有文化传媒经营单位“事转企”改制进度较慢具有一定关系。
《国务院关于加快培育和发展战略性新兴产业的决定》要求：现阶段重点培育和发展节能环保、新一代信息技术、生物、高端装备制造、新能源、新材料、新能源汽车等产业。新三板挂牌公司的行业分布基本上吻合了上述要求。这说明国家加快培育和发展战略性新兴产业符合经济和科技的发展规律，资本市场对于行业发展具有一定的筛选功能和资源配置功能。